Furken, puedes ponerle un poco de electrónica a tu idea inicial y ya está....
Por lo que cuentas (4 cables que llegan al ventilador, 2 de ellos siempre con alimentación y los otros 2 con pulsos), esos dos cables a los que llegan pulsos, dependiendo de los pulsos que lleguen lo que hace es que vaya el ventilador más rápido o más lento. Ésto es así porque las salidas vendrán del ordenador, que es un sistema digital y por tanto sus salidas son digitales (0 y 1) y esas salidas no sirven para alimentar circuitos de potencia.
Puedes buscar la forma de construir un circuito cuya salida sean pulsos, dependiendo de la temperatura que hay en el interior del coche, y con eso harás que el ventilador vaya más rápido o más lento.
Un saludo y enhorabuena... es una currada.