A mi tambien me paso lo mismo. Yo codifique el mando usando las dos llaves, la del mando y la de repuesto.
Creo que el procedimiento lo pone el manual del coche, pero si no es asi, por internet es facil de encontrar el como se hace. Fue hace mucho tiempo y ya ni me acuerdo, pero habia que meter la llave de repuesto en el contacto y el mando en la puerta del piloto. Girar la llave de repuesto en el contacto un cuarto de vuelta y girar el mando en la puerta como si abrieras el coche y a la vez apretar el boton de abrir. No se.... Ya te digo que fue hace mucho y a penas me acuerdo, pero suena mas lioso de lo que al final es.
En mi caso me paso teniendo el coche aparcado muy cerca de varios coches de policia asi que yo creo que fue algun tema de inhibidores. El caso es que cuando lo volvi a codificar no volvio a fallar mas.
Supongo que en la Seat te lo hayan codificado con la maquina, asi que no encuentro otra explicacion mas que el mando este mal. Seguramente te lo cambien y soluciones el problema.
Ya nos contaras a ver en que queda la cosa.