Buenas,
Aunque no sea un gran experto en mecánica, creo que no debes preocuparte por el tema del aceite, es probable que viniera bajo de fábrica y como en estos primeros kilómetros es cuando más aceite consumen, es probable que sea por esto por lo que te han tenido que rellenar. Si fuera que venía bajo de fábrica, sería para matarlos, pues se supone que hacen una revisión preentrega (si has leido más temas de este foro veras que los talleres dejan bastante que desear, a más de uno le han dejado puesto los topes de la suspensión).
Por cierto, ¿Como te has enterado de que estaba bajo el nivel del aceite? ¿Lo has mirado tú con la varilla o te ha avisado el coche? Te lo pregunto pues a mí con 3000 kilometros me rellenaron aceite, pero no estaba por debajo del mínimo, por lo que no sé si cuando baja por debajo del mínimo el coche te avisa en el FIS.
Comentarte, además, que desde que me lo rellenaron a los 3000 kilometros no me ha vuelto a consumir aceite y ahora tengo casi 13.000.
Respecto al tema de que el aceite esté ennegrecido decirte que para mi es totalmente normal. En los otros coches que he tenido hasta ahora siempre nada más cambiarlo estaba muy clarito, pero después cada vez que lo revisaba estaba como tu dices. Creo que no debes preocuparte.